Pierwotny, drewniany kościół pw. św. Małgorzaty w Janowcu powstał w XII w. W 1326 roku był już określany jako stary. Zapewne był wówczas w złym stanie technicznym, co spowodowało fundację nowego, murowanego już kościoła, ok. 1350 roku. Ten niewielki, jednonawowy kościółek został rozbudowany w połowie XVI wieku z fundacji Piotra Firleja, wojewody ruskiego, właściciela Janowca. Wzniesiono wówczas nową, obszerną nawę i prezbiterium obok starego kościoła. Po przekazaniu nowo zbudowanej, jeszcze niewykończonej, części kościoła protestantom przez kalwina Andrzeja Firleja, kasztelana lubelskiego, stary kościół pozostał świątynią katolicką. Przez następnych kilkadziesiąt lat, niemal do końca XVI w. w janowieckim kościele odbywały się obok siebie nabożeństwa dwóch religii: w starej części katolickie, zaś w nowej protestanckie.

Po przejęciu nowej części kościoła przez proboszczów katolickich pod koniec XVI w. ujednolicono przestrzeń kościoła – połączono dotychczas odrębne wnętrza starej i nowej części, przez co stary kościół stał się boczną kaplicą św. Anny. Wtedy również powstała okazała wieża kościelna, zdradzająca rękę dobrego architekta, w swoim kształcie zbliżona do wież kościoła w również należących do rodu Firlejów, Czemiernikach.

Następne stulecia to okres stopniowego wzbogacania wnętrz janowieckiego kościoła przez hojnych fundatorów, głównie przedstawicieli rodów władających Janowcem. Przytłaczająca większość wystroju kościoła, w tym znakomite barokowe ołtarze, powstały za czasów, gdy kolatorami kościoła byli Lubomirscy z linii janowieckiej. Szczególną uwagę zwraca barokowy ołtarz główny, być może projektowany przez Tylmana z Gameren oraz nie gorsze od niego późnobarokowe ołtarze boczne, zapewne pochodzące z puławskiego warsztatu braci Jana Eliasza i Henryka Hoffmannów.

Najcenniejszym zabytkiem wnętrza janowieckiego kościoła jest manierystyczny piętrowy nagrobek Andrzeja Firleja i jego żony, Barbary ze Szreńskich, dzieło wybitnego florenckiego rzeźbiarza Santi Gucciego, nadwornego artysty królów Zygmunta Augusta i Stefana Batorego.